Antes do povoado de Bom Jesus ser criado os indígenas ocupavam toda a região. Os vestígios podem ser vistos até hoje em cavernas e em terras de cultivos. Mais tarde vieram os bandeirantes paulistas e os tropeiros, que deram início à criação das primeiras fazendas.

Todo o território pertencia ao município de Santo Antônio da Patrulha e depois pertencendo a Vacaria era conhecido como 3º distrito da costa, devido à sua proximidade com o mar.

Devido à grande distância que separava o distrito e Vacaria, e também aos precários meios de transporte, o povo lutou pela criação de uma capela em local mais próximo e acessível. Em 21 de maio de 1879 foi criada, então, a Capela do Senhor Bom Jesus do Bom Fim. O nome foi dado devido à devoção de Manoel Silveira de Azevedo, dono das terras, o qual indo à Guerra do Paraguai fez uma promessa que, se voltasse são e salvo, iria formar uma capela com este nome.

Em 16 de Julho de 1913, durante o governo do Dr. Antônio Augusto Borges de Medeiros, Bom Jesus emancipou-se através do decreto nº 2000. O município teve como primeiro intendente municipal o engenheiro Artur da Silva Ferreira. As famílias colonizadoras vieram de diferentes cidades, estados e países, trazendo consigo diversos costumes, hábitos e usos. Aos indígenas primitivos juntaram-se portugueses, italianos, alemães e afro-descendentes.

Em 1918, por decreto de D. Miguel de Lima Valverde, Bispo de Santa Maria, Bom Jesus passou à categoria de paróquia e em 1940 à categoria de cidade. Pelos campos de Bom Jesus passaram grandes mártires em operação de guerra, como na Revolução Farroupilha. Entre eles aparecem Anita Garibaldi, Bento Gonçalves e David Canabarro.

Para a história do município merece destaque ainda o fato de Bom Jesus ter tido o maior posto de arrecadação de impostos e controle do Governo Imperial, na província do Rio Grande de São Pedro. O posto funcionou por muitos anos no Rio Pelotas, no chamado Passo de Santa Vitória ou Guarda Velha.

Situação Geográfica 

O município de Bom Jesus está situado no extremo da região nordeste do Rio Grande do Sul, nos chamados Campos de Cima da Serra, fazendo divisa ao norte: São Joaquim (SC) e Lages (SC); Sul: São Francisco de Paula (RS) e Jaquirana (RS); Leste: São José dos Ausentes (RS); Oeste: Vacaria (RS) e Monte Alegre dos Campos (RS).